Evaluasi SPBE merupakan tahapan dalam manajemen SPBE sebagai instrumen untuk mengukur kinerja penyelenggaraan SPBE. Evaluasi dilakukan oleh Tim Evaluator Internal SPBE yaitu Pemerintah Kabupaten Wonosobo yang telah berkerja selama 1 (satu) bulan untuk mengumpulkan bukti dukung penyelenggaraan SPBE selama tahun 2023 dan tahun 2024. Tim Evaluator Internal SPBE melakukan reviu dokumen dan bukti dukung untuk memastikan setiap indikator penilaian SPBE sudah terisi dengan benar dan sesuai dengan tingkat kematangan per indikator.
Hasil evaluasi mandiri ini selanjutnya akan diserahkan kepada Tim Evaluator Eksternal Pusat yaitu dari Kementerian PAN dan RB. Selanjutnya TIm Evaluator Eksternal akan memeriksa dokumen evaluasi serta akan melakukan interview kepada Pemerintah Kabupaten sebagai bagian metode evaluasi dan akan diolah menjadi nilai Indeks penyelenggaraan SPBE.